近二十年来，美国对南海的侦察，始终就没放松过。而在这其中，引发了多起中美军事摩擦事件。
最严重的就是2001年4月1日的中美南海撞机事件。
当时，美军EP-3电子侦察机进入海南岛外70海里中国专属经济区上空，中国军方遂派出2架歼-8战机进行驱逐，但美军机未改变航向，后中国一架歼-8战机在驱逐美机的过程中，与其擦撞坠机，飞行员王伟弹射落海后失踪。美EP-3侦察机擦撞后受损，在未获同意的状况下迫降于海南岛陵水军用机场，美方24名机组人员遭中国方面扣留。
美军拍摄到的中国歼-8（机号81192）贴近飞行
之后，中美双方就事件责任僵持不下，引发中美两国严重外交危机。经过政治角力，最终，美国发表一段含糊其辞的“道歉”。中国同意交还人员，但拒绝美方派员修理EP-3侦察机的提议，只愿拆卸后交机，最后全机拆除，由俄制安-124巨型军用运输机运往夏威夷。
EP-3是美国当时比较先进的电子侦察机，其可以搜集所有武器的电子频谱。据公开资料显示，当时解放军一艘俄制基洛极潜艇和一艘093核潜艇正在进行演训，如果美军获得我军潜艇与指挥中心的联络讯号，未来将对海军在南海的行动构成极大的威胁。当时，如果采取击落美军侦察机的方式，后果不堪设想，所以，我军飞行员只好以贴近飞行方式进行驱赶，防止其进入潜艇演习区域。不料，贴近驱离过程中发生擦撞。
美军EP-3机组人员
后来，逃到俄罗斯的美国中情局前雇员爱德华.斯诺登爆料说，中美军机在空中相撞后，因为受损需要迫降，于是，在撞机到迫降40分钟内，其一边找寻中国陆地上最近的机场，一边销毁机上的机密文件与电子设备。
美军有规定，出现意外，要及时销毁机密文件，但并没有详细说明如何销毁侦察机上的哪些数据。所以，在销毁文件的过程中，因此之前心理与器材准备不足，紧急破坏训练流程不熟悉，在处理机密文件时十分慌乱。
有的用斧子砸，有的摔电脑，有用脚揣等。美军后来担心一些机密没有销毁干净，而落入到中国手中，所以事件发生后大量修改军事系统密码，其中光是通知使用GPS系统的军方使用者就高达25万个，所有密码全部修改就花了2个星期，其他有关军方机密通讯协定与密码的修改就更加庞大而复杂了。
美雇佣俄罗斯飞机将其运回
发生此事故后，美国劣行不改，依然不停地在南海执行所谓的“自由航行”政策，而这，大大增加了中美在南海上的摩擦次数，其中有两次情况比较严重。
一次是在2013年12月5日，当时，中国辽宁号航母编队在南海进行军事演练，美军“考本斯号”导弹巡洋舰为了搜集辽宁号情报，在演习区外围对其进行军事侦察。为了阻止美军的行动，中国出动2艘两栖攻击舰前往拦截，但美舰拒绝停船，但中国军舰并没有放弃阻挡，向美舰靠近拦截，两舰最近距离只有91公尺。最终，美舰被迫转向。双方舰长经无线电联系后，美舰驶离。
中国052C“兰州号”导弹驱逐舰
另一次也是舰船冲突。2018年9月30日，正值两国因贸易纠纷而出现关系紧张，美军“迪卡特号”导弹驱逐舰在执行南海“自由航行”政策时，通过中国的南薰礁和赤瓜礁礁12海里内，遭到中国052C“兰州号”导弹驱逐舰的拦截。在美舰不听从的情况下，中国军舰以船身阻挡其航行，成功迫使“迪卡特号”逃离，两舰最近距离仅41公尺。双方后来都召开记者会发表声明相互指责。
有美国军事专家称，中国舰船与美国“硬碰硬”表明，这是中国发出的政治信号的一部分，显示它不会接受美国在南海的军事影响力的存在。