自5月起，国外学术交流在线平台PubPeer上陆续有人匿名发帖，质疑清华大学医学院院长、中科院院士董晨的20多篇论文存在一图多用和重复使用等问题。截至发稿时，PubPeer网站上能检索到有上述被质疑图像异常、作者署名包括董晨的论文24篇。
在这些论文里，出现了部分实验图像在不同项目中重复出现，但标记数值不同；两幅实验图像相似度极高；不同指标的直方图完全一致的情况。《中国新闻周刊》查阅到的24篇论文全部由董晨担任通讯作者或共同通讯作者。
对于上述质疑，董晨于6月27日回复《中国新闻周刊》称，“PubPeer上有人对于我们部分文章的少数展图有些疑问，我们非常认真而慎重地对待，正在深入调查和核实原始数据。据初步了解，可以排除有意的学术造假，没有任何论文的科学结论有所改变。有些疑问是因为提问者对于研究内容的不熟悉。但也有极少数情况存在无意的错误，我们正在和杂志合作进行修改。由于跨度时间长，涉及的学生、博士后较多，调查还在继续中。”
董晨强调，“基本上排除恶意造假，展图没有经过人为加工，造假是不成立的。”
董晨稍晚时表示，有些被重复使用的图片其实是同一个实验。其中有一篇论文则是“搞错了”，出现了技术错误，已在和杂志商量修改。他已在PubPeer网站对部分文章的质疑进行了回应，估计会在27日晚间上线。
这些被质疑的论文发表时间从2003年延续到2019年，大部分在董晨供职美国德克萨斯大学安德森肿瘤中心期间发表，还有部分论文是董晨在华盛顿大学、清华大学医学院期间发表的。文章多见于《Immunity》《免疫学杂志》《生物化学杂志》《实验医学杂志》等期刊，还有论文发表在自然出版集团主办的《自然-免疫学》。另有两篇论文分别于2007年、2019年被《自然》杂志收录。
此次被质疑的部分论文发表于高水平期刊。除国际顶级期刊《自然》杂志外，《Immunity》、《自然-免疫学》、《实验医学杂志》2018年的影响因子分别高达21.522、23.53和10.892。
2019年2月, 《Immunity》新一届编委会名单正式公布。清华大学医学院院长、免疫所所长董晨成为该刊编委。当时与董晨一同成为编委的还有去年11月曾被质疑论文造假的南开大学校长曹雪涛。
据清华大学医学院官网介绍，董晨于1989年本科毕业于武汉大学，1996年获美国阿拉巴马大学伯明翰分校博士学位，1997年至2000年在耶鲁大学免疫学系从事博士后工作。他曾任德克萨斯大学MD Anderson 癌症中心终身讲席教授、炎症与肿瘤中心主任。现任清华大学医学院院长、免疫学研究所所长、北京市“慢性疾病的免疫学研究”重点实验室主任。去年11月22日，中国科学院发布《关于公布2019年中国科学院院士增选当选院士名单的公告》，董晨当选为中国科学院院士。
董晨目前已发表论文240余篇，总被引用次数达26000余次，2014年到2019年连续六年被评为全球“高被引科学家”。同时，他还是《Frontiers in Immunology·T Cell Biology》主编，《中国科学·生命科学》和《FASEB Journal》副主编，《Immunity》、《Cell Research》等期刊的编委。