虽然复式房在空间方面比较占优势，但是这类房子的缺点也非常明显，有的人在买了复式房子之后不仅没有享受到高质量的居住环境，还表示非常后悔买这类房子。一些懂行的人在买房子的时候不会考虑复式房，只有住过的人才明白其中道理。
首先复式房价格不占优势，人们在买房子的时候会根据自己的经济状况“量体裁衣”，在相同条件下人们更愿意选择价格稍微低一点的房子，毕竟买房会给人们带来较重的经济压力，因此在买房子的时候能省一点是一点。因为复式房跟普通户型存在差异，所以在价格方面要比普通房子贵一些，考虑到性价比人们不会把关注点放在复式房上。
其次复式房不仅装修难度大，还需要房主承担较重的装修开支。因为复式房在空间方面跟普通房子不一样，所以在装修的时候比较费时费力，不仅要对屋内空间进合理的规划，还要承担高昂的装修费用。一整套装修下来不仅会让房主身心俱疲，还会掏空房主的钱包。
最后一点就是复式房的舒适度较差，因为是双层的设计，所以屋内的采光和通风效果不如普通房型占优势。一些装修设计不合理的复式房在空间利用率方面比较“鸡肋”，虽然是两层的使用面积，但是住户丝毫体会不到大空间的快乐。
对于懒人来说打扫复式房是一件非常令人崩溃的事情，边边角角非常容易藏灰，房主要拿出很长的时间来打扫卫生，既费时又费力。