《宁静咖啡馆之歌》场景设置在日本能登半岛，从东京开车过来的吉田岬，回到了她父亲的故乡。父亲是一个渔民，八年前随船一起失踪，他没有给女儿留下任何遗产，除了一间海边的破旧船屋，它完全不值钱，但女儿相信父亲还活着，她要在这里等待父亲归来。四岁时父母离婚，她认为自己选择跟随母亲，是抛弃了父亲，她要请求父亲原谅。三十多年来，她再也没有见过父亲，这成了她心中永远的愧疚。
这部散淡的电影，就像海边的波浪，轻轻激荡，泛起一阵阵惆怅。吉田岬孤身一人，拉开摇摇欲坠的船屋木门，看见的是昏暗、凌乱和肮脏：翻倒的煤油灯、爬满墙角的蜘蛛网、挤成一堆的渔具和绳索、父亲穿过的雨靴……但是一把吉他，让她想起小时候父亲教她弹琴的情景：悠扬的琴声、拍岸的涛声，还有天空传来的鸟声……
冷清、荒僻的海边，除了一家没有旅客的民宿，杳无人迹，但吉田岬还是把船屋改建成咖啡馆，取名“夜鹰”。她从非洲买来咖啡豆，购置烘焙机，研磨、调制咖啡，然后，再卖给远方的客人。她特意在木屋前，竖起电线杆，装上电灯。夜晚，闪亮的灯，就像灯塔，在幽暗海上漂泊的父亲，一定能看见回家的路途。
这里的风景极美：蓝色的海面、奔涌的浪花、寂静的山峦、天空的云霞……配上氤氲的咖啡香气，可以让人一解忧愁，但我们分明感到吉田岬内心的孤寂。虽然邻居民宿女主人绘里子对她不友善——头天因船屋脏乱去借宿遭拒绝，但绘里子的两个孩子，让吉田岬的生活有了一点生气。
姐姐有沙和弟弟翔太，对新搬来的邻居产生兴趣，他们趴在窗口，看吉田岬屋里像火车头一样的烘焙机，满脸惊奇。这两个小孩的单亲母亲绘里子，常常抛下他们，去城里的夜总会当小姐，原本照顾他们的奶奶生病住了院，使得无人管的姐弟，除了交不上学校的伙食费，还在超市偷盗商品。吉田岬让有沙为咖啡馆打工，让她挣了工资可以付伙食费，还教她有关咖啡的知识，以及做人的道理。像母亲一样的吉田岬，让姐弟俩感到温暖。
绘里子不知道为什么看吉田岬这么不顺眼，她拒绝吉田岬入住，不让女儿和吉田岬来往，说吉田岬是坏人。其实，她自己在和一个渣男交往，因为高中没毕业，去了邻近的城市夜总会。电影没有透露绘里子孩子们的父亲是谁，却安排了渣男去强暴吉田岬，而绘里子恰巧遇见，砸昏了渣男，救了吉田岬。正是这部冲淡、平缓电影中最激烈的一段，让吉田岬和绘里子由陌路到熟知，成为朋友，建立浓厚的友情。绘里子最后辞去夜总会工作，成为海边咖啡馆的一员。吉田岬和绘里子及她的两个孩子亲如一家，再也不能分开。
和大海的颜色相配，这部电影的色调以蓝色为主。虽然有点寂寥，但也给人宽慰，爱和亲情总会泛起涟漪。比如：电影里的女老师，拿的第一份工资就为父母买领带围巾；有沙的同学为母亲的生日买咖啡；失事船员的女儿要把父亲的遗骨迎回家，“不管他变成什么样子，他已经回来了”；吉田岬得知父亲遇难的消息，表示不相信，执拗地要在咖啡馆等待父亲的归来。
很容易理解吉田岬的心情，在那个漆黑的夜晚，她听着涛声，辗转反侧；几度欲弹响吉他，几度失音。失去了父亲，她“没法继续忍受这里的涛声了”，她决定离开。送别了吉田岬，绘里子每天黄昏，依然去矗立在船屋前的电线杆点灯，有沙说，“她不是为了我害怕黑暗而点灯”，她在用灯光召唤吉田岬。有一天，有沙望着窗外，窗外的绘里子站在海边望大海，一辆蓝色的车子驶来，停下，背景虚化的吉田岬变得清晰：“我回来了。”转到绘里子的近景：“欢迎回家。”这里就是家啊，孩子们奔出，大家拥抱在一起，画面在此定格，成为电影中最感人的一瞬！