据国家医保局介绍，医保支付新冠肺炎疫苗费用是应对特殊事件的特殊之举。主要动用医保基金滚存结余，不影响当期医保基金的收支，也不会影响人民群众看病就医的待遇。从长远看，全民免费接种疫苗，有利于快速建立免疫屏障，维护正常生产生活秩序和经济社会健康发展，从而进一步促进医保基金长期可持续运行。
国家医保局表示，医保支付疫苗费用，决不是简单付钱。要千方百计确保医保资金发挥最大保障效力，用好集中带量采购等各种各样办法，充分发挥医保战略购买作用。要做好医保支付结算工作，监测好疫苗使用支付情况，确保群众疫苗打得明白，医保资金付得清楚。