随着mNGS技术平台的完善和临床研究的增多，mNGS在临床上的运用越来越广泛。mNGS中文全称是宏基因组新一代测序技术，mNGS在感染性疾病分子诊断领域大显身手，尤其在新冠肺炎的病毒检测中发挥出色，科学家采用mNGS系统发现了新型冠状病毒。
mNGS不依赖于传统的微生物培养，直接对临床样本中的核酸进行高通量测序，能够快速、客观的检测临床样本中的多种病原微生物（包括病毒、细菌、真菌、寄生虫），尤其适用于急危重症和疑难感染的诊断。
日前2020华大基因感染分子诊断高峰论坛上，临床、检验等感染相关领域的学者专家，就感染性疾病分子诊断的现在与未来，以及临床宏基因组学技术的发展与应用两大专题进行沟通交流。一系列病原分子诊断的新产品也在论坛上发布。
中国工程院的闻玉梅院士对感染性疾病的防控、诊断与治疗，以及分子诊断技术发展方向提出了独到的见解和展望。她指出，分子诊断在传染病病原体诊断中是重要一环，临床上，分子诊断与传统生物学诊断要建立更多联系，实现更多结合，才能发挥更好的作用。免疫学是人与病原体斗争的基础，免疫治疗的基因分型尚缺乏相关的研究，科研创新的空间相当大。
上海交通大学医学院附属瑞金医院瞿介明教授介绍，mNGS在下呼吸道疑难复杂感染病原微生物诊断及应用方面优势明显，并且mNGS技术与传统方法已经展开互补应用。
北京协和医院神经外科关鸿志教授结合国内外脑脊液多中心的研究成果，认为mNGS是重要的神经感染性疾病精准诊断技术，目前脑脊液mNGS临床转化进行中。
复旦大学附属华山医院感染科主任张文宏教授通过已经发表的国内外mNGS文章数量提出，中国的感染病mNGS，是一场和国际的赛跑，在临床转化应用上已经走在了前面。未来临床感染诊断的发展方向，应该不只是mNGS一种技术，而是多种技术共同发展，包括了传统技术以及新技术联合使用，去解决临床感染诊断的需求。
上海交通大学医学院附属瑞金医院感染科张欣欣教授总结道，感染性疾病快速精准诊断，能推动感染性疾病精准医学的发展，开拓现有疾病诊断、治疗和控制模式的新路径，促进跨学科、跨领域的交叉融合，最终为广大患者的健康谋福祉。