16日，在当选为第99任日本首相后，菅义伟前往官邸，随即与公明党的山口代表举行党首会谈后，设立组阁本部，进行内阁人事变动。新任内阁官房长官加藤胜信公布全体内阁成员名单。
菅义伟内阁成员共21人。菅义伟担任首相，另有20名内阁大臣。安倍内阁中留在内阁但改任其他职务的共3人，厚生劳动大臣加藤胜信改任内阁官房长官，国家公安委员长武田良太改任总务大臣、防卫大臣河野太郎改任行政改革担当大臣。
安倍内阁中留任原职的共8人，分别是副首相兼财务大臣麻生太郎、文部科学大臣萩生田光一、经济产业大臣梶山弘志、环境大臣小泉进次郎、奥运担当大臣桥本圣子以及负责新冠疫情对策的经济再生担当大臣西村康稔和隶属公明党的交通大臣赤羽一嘉。
再次入阁的共有4人。前法务大臣上川阳子、前厚生劳动大臣田村宪久以及前国家公安委员长小此木八郎再次得到起用，仍然担任同样职务。此外，菅义伟最为关注的数字担当大臣一职由再次入阁的前情报通信技术政策担当大臣担当大臣平井卓也担任。
首次进入内阁的共5人。前官房副长官野上浩太郎被起用担任农林水产大臣，安倍的弟弟、前外务副大臣岸信夫任防卫大臣，前内阁府副大臣平泽胜荣担任复兴大臣，前总务副大臣坂本哲志任一亿总活跃担当大臣，新设的世博会担当大臣由前环境副大臣井上信治担任。