面对2020年新冠肺炎疫情对交通运输行业带来的严重冲击，铁路部门在落实常态化疫情防控措施、保护旅客健康的前提下加强客运组织，提升服务质量，便利人员有序流动，助推经济社会秩序全面恢复。
从全年客运形势分析来看，2020年长三角铁路客运呈现了初期断崖式下跌、中期有序恢复、后期企稳回升三个阶段的特点。铁路部门统筹推进疫情防控和铁路运输组织，精准分析客流需求，实施灵活的“一日一图”差异化客运运力供给，实现有流开车、应开尽开。铁路日均客发量从2月份最低21.1万人次逐步回升，其中10月份日均发送190.4万人次，10月1日发送旅客309.9万人次，创2020年单日客运量最高纪录。
从分地区客发量来看，在发送的4.78亿人次旅客中，上海地区发送约0.75亿人次，浙江地区发送约1.54亿人次，江苏地区发送1.56亿人次，安徽地区发送约0.93亿人次。从主要客运车站客发量来看，年客发量最大的车站为杭州东站，全年共发送旅客约4650万人次；其次为上海虹桥站，全年共发送旅客约4140万人次；南京南、合肥南全年分别发送旅客约3110万人次、1870万人次。
防疫关系到人民群众的健康，流动的车站和列车是防疫的关键场所。2020年以来，长三角铁路严格按照属地管理要求，分层分级精准施策做好疫情防控，根据防疫变化及时规范站车防控、入境人员转运等重点工作流程。全年旅客测温约8.1亿人次，实现旅客体温测量率、规范口罩佩戴率、发热旅客移交处置率三个100%。
为支持全国抗疫、便利旅客出行，铁路部门还多次调整退票政策，做好重点人员、物资运输。全年累计闭环转运入境重点旅客4500人次，协查旅客密切接触者385车次26.72万人次，协调运送医务人员59批次1708人、疫情防控物资2911批次8378吨。
服务千万条，走心暖心第一条。2020年，长三角铁路围绕助力经济社会秩序加快恢复、方便旅客出行等，推出一系列的服务新举措，旅客出行更便捷、体验更美好。
年初，围绕为企业复产、务工人员复工纾困，长三角铁路积极对接区域内劳动力输入地区，精心设计“一车一策”方案，精细组织复工专列开行，为返岗职工解决出行难题。累计组织开行复工专列（包车）125批次、164列，运送务工人员超过10万人次，创造了与疫情防控形势相适应的运输新模式。
购票是旅客出行的第一环节，为了让购票手续更简单、更方便，长三角铁路不断创新售票组织方式，管辖的所有高速、普速站车全面实施电子客票，让更多的旅客感受到“一证通行”更省心、更放心；7月份起，沪宁城际、宁安高铁、宁启铁路推行“铁路e卡通”业务，10967名旅客开通“e卡通”账户，日均扫码进站608人次，坐高铁也可以像坐公交车一样随到随走。
让乘车旅行中也能品尝到沿线不同的“美食”。铁路部门将高铁沿线“美食文化”融入高铁餐饮，推出“舌尖上的高铁”品牌，在杭黄高铁千岛湖站推出“一顿好饭”地方特色热链供餐服务，覆盖高铁列车43趟次；在南京站开展普速列车互联网订餐业务，为多趟普速列车提供网络订餐、送餐到座位服务。当地鱼头汤、花猪肉、米粿、鸭血粉丝等特色美食进车厢、送到座，满足旅客不同的“胃口”需要。
顺时应变，不断优化列车开行方案。围绕年内高合杭高铁合湖段、沪苏通铁路、衢宁铁路、京港高铁合安段、连镇高铁淮安至丹徒段、盐通高铁等新线开通后运输格局变化，长三角铁路精心编制季度列车运行图，使运力供给与市场需要更匹配。在2020年第四季运行图中，共编制旅客列车运行线1169对，列车开行数量创新高，开行方案更科学，运力供给的品质和效率得到进一步提升。