距离开幕半年之际，东京奥运会再次陷入舆论漩涡。因公开发表歧视女性言论，2月12日，东京奥组委主席森喜朗在奥组委会议上宣布即日起辞职，“我的不当言论造成了很大的混乱局面，我希望从今天起辞去主席职务。”
2月3日，森喜朗在日本奥委会的一次会议上抱怨称，“很多女性出席的会议时间太长了。女性有强烈的竞争意识，假如一个人举手发言，其他人可能会想自己也必须要说些什么，这样每个人都会发言。”他还表示，若参会女性人数增加，需要在一定程度上控制发言时间，否则会议很难结束。”
这一言论立刻在日本甚至全世界范围引起轩然大波，森喜朗第二天立即召开发布会表示道歉，但拒绝辞去东京奥组委、东京残奥组委主席职务。森喜朗的道歉并没有让舆论平息，相反过去一周日本国内的反对声浪持续高涨。2月9日，390名奥运会志愿者宣布退出东京奥运，两名火炬手放弃参加火炬接力。
东京都知事小池百合子10日更是强硬地表示，她将不参加国际奥委会主席巴赫提议的四方会议。国际奥委会也在官方网站对森喜朗的言论予以指责，“东京奥组委主席最近的言论是绝对不合适的，也与国际奥委会的承诺以及《奥林匹克2020议程》中的改革方案相悖”。
据共同社报道，森喜朗11日提出由84岁的日本足球协会前主席、东京奥运村村长川渊三郎接替他，后者当时表示欣然接受。但反对者表示，川渊三郎是森喜朗指定的继任者，显然是闭门操作。富士新闻网则报道，许多官员希望由一名女性取代森喜朗，日本奥运大臣桥本圣子成为潜在人选。森喜朗自2014年1月东京奥组委成立起就开始担任主席，他的辞职对东京奥运会来说可谓是沉重一击，奥运会测试赛将于3月4日重启，因此留给东京奥组委选出新主席的时间已经不多了。