2020年3月3日，李克强总理宣布阶段性减免港口建设费。根据财政部和交通运输部要求，自2020年3月1日至6月30日，免征进出口货物港口建设费，减半征收船舶油污损害赔偿基金。阶段性减免政策，将有效促进疫情期间企业复工复产，促进海运经济稳中向好。
上海海事局迅速落实，第一时间暂停国外进出口货物港口建设费的开票及缴费工作，紧急升级软件系统，切实把阶段性减免工作要求落实到位。同时，由于减免政策的可追溯性，部分货主缴纳了“应免未免”的港口建设费，此费用应当及时退付。经排查，待退港口建设费369万余元，票据8170张，涉及1400多义务缴费人。
当前仍值疫情期间，为提高退付效率、减少接触频率，上海海事局积极开展网上退付实践，于4月17日在中国（上海）国际贸易单一窗口上线“港口建设费海事退付系统”，并于同日发布退费通知。截至4月底，上海海事局完成第一批港口建设费退付6560票，合计金额346.36万元，占应退付总额的93.9%。
截至4月底，包括退付和减免费用在内，上海港同比减征港口建设费约2.45亿元，同比减征53.7%。上海海事局将继续做好阶段性减免港口建设费工作，积极推动国家稳定外贸政策落到实处。