10月21日，上马组委会宣布，2020年上海国际马拉松赛将于11月29日上午7点开跑。在疫情常态化防控的背景下，线下赛事的规模不可避免有所精简。今年上马只保留了全马项目，参赛人数则从往年的3.8万人缩减至9000人。
赛事依旧采取“预报名+抽签”形式，预报名通道已经开启，而报名费仍为100元。 值得一提的是，为保障参赛安全，本届上马将不接受境外选手，以及目前或曾为中高风险地区的选手报名。
与往年一样，本届上马的起点仍在外滩金牛广场，但从起点出发后的第一个转弯道由金陵东路改为新开河路，转弯道更加宽敞，避免转弯处人流拥堵。中段路线以半淞园路折返替代了局门路折返，折返道路也更为宽敞。新增瑞宁路-龙腾大道-东安路段以及丰谷路折返。
因受徐家汇公园改造的影响，今年赛事的终点暂时告别了仪式感满满的八万人体育场，调整至徐汇滨江西岸艺术中心。调整后的终点区域位于徐汇滨江区域，按照赛后一公里流线的要求，最大化的使用了赛后空间，拉开了人员之间的距离。领取存衣包设于艺术中心展馆内，为天气寒冷或下雨提供了天然的场馆遮蔽、为选手提供了便利。
为给跑者提供健康的参赛环境，本届上马比赛当日，9000名跑者将分三枪起跑，在参赛规模本就只有原本的四分之一的情况下，最大限度地分散人流。与此同时，所有参赛者均需提交核酸阴性检测报告，保持随申码绿码状态并在进入起点处进行人脸识别对身份信息进行核验。
而赛事所有一线工作人员都将进行核酸检测，确保服务跑者的每一位志愿者、医护人员都是安全、健康的，赛事也将在开赛前定期高频率对参赛人员信息的随申码进行筛查。如遇到国内中高风险地区的动态调整，组委会将根据数据的动态筛查调整每一位跑者的参赛信息。