在FCKeditor目录里的fckconfig.js打开，找到FCKConfig.ToolbarSets["Default"] 这里的设置是配置功能按钮的，你需要的留下，不需要的可以删掉，也可以注释掉。

如需要多种配置，可以设置多个FCKConfig.ToolbarSets["你自己命个名name"] 后面跟配置详情。在引用编辑器的时候，以PHP为例：把fckeditor.php复制一个命名fckeditor1.php，在这里可以改配置。（$this->ToolbarSet= '你自己命的名name' ;）

<?php 
include("editor/fckeditor1.php") ;//这里调用 
$oFCKeditor = new FCKeditor('FormContent') ;//实例化 
$oFCKeditor->BasePath = 'editor/';//这个路径一定要和上面那个引入路径一致，否则会报错:找不到fckeditor.html页面 
//$oFCKeditor->Value = '' ;  
$oFCKeditor->Width = '100%' ; 
$oFCKeditor->Height = '300' ; 
$oFCKeditor->Create() ; 
?>

下面是其他网友的补充，很详细，也可以参考下：
FCKeditor是一款非常流行的WEB可视化编辑器，其程序的的成熟度也非常高、功能丰富，但是再丰富也无法完全满足我们的实际要求，有时我们还是需要增加一些自己的功能。但FCKeditor的程序结构还是比较复杂的，对JS不是很了解的人很难对其灵活定制，本文就如何为FCKeditor的工具条增加一个打开我的像册的自定义按钮做一介绍。

先看看效果：

增加按钮有以下几步：

1、为按钮增加图片：
　　FCK的所有按钮图片是存放在一个图片文件里的，这一点比较独特，文件存放在相应皮肤目录下，如：/FCK/skins/silever/fck_strip.gif。通过Fireworks或Phtoshop打开该文件可以发现一个很长的图片，里面包含所有按钮的图片，现在您可以在该图片的最下面增加您自定义的按钮，注意，每个按钮的尺寸是16*16px。

2、为按钮增加功能代码：
　　增加按钮需要对FCK/editor/js目录中的两个核心文件进行修改：fckeditorcode_gecko.js和fckeditorcode_ie.js，前者是使用于gecko核心的浏览器如Firefox等，而后者应用于以IE为核心的浏览器如MyIE（傲游）等，这两个文件大体是相似的，仅有微小差别，在此我们基本无须担心。
　　修改的方法非常简单，基本是一个照葫芦画瓢的过程，首先我们找一个与我们将要添加的按钮功能相似的一个按钮，这里我们选择了Newpage，这是一个清空编辑器以备新建一个文件的按钮。首先我们修改fckeditorcode_ie.js，fckeditorcode_gecko.js直接复制更改的代码就可以了。

　　打开fckeditorcode_ie.js，这里需要说明的是，fckeditorcode_ie.js是多个文件合并经过代码优化的（即去掉了大部分换行、空格、注释等）不是很容易阅读，而且这样一百多K的JS文件用Dreamweaver、ZDE等工具打开后CPU立刻升至100％，相信计算机就变成痴呆一样了，经过一翻比较，发现曾被我认为一文不值的Golive竟然可以轻松打开该文件并快速编辑！不管你用什么软件反正能打开并编辑就行了。以关键词Newpage进行查找，你会发现一个按钮的功能定义分三大部分：

A、功能原型
　　// 按钮功能原型
　　var FCKNewPageCommand=function(){this.Name='NewPage';};
　　FCKNewPageCommand.prototype.Execute=function(){FCKUndo.SaveUndoStep();FCK.SetHTML('');FCKUndo.Typing=true;};
　　FCKNewPageCommand.prototype.GetState=function(){return FCK_TRISTATE_OFF;};

　　var FCKMyAlbumCommand=function(){this.Name='DISPLAY: none';};
　　FCKMyAlbumCommand.prototype.Execute=function(){if(typeof(parent.showMyAlbum)=="function"){parent.showMyAlbum(FCK);}else{alert(FCKLang.NoAlbum);}};
　　FCKMyAlbumCommand.prototype.GetState=function(){return FCK_TRISTATE_OFF;};

B、功能的实例化
　　case 'NewPage':B=new FCKNewPageCommand();break;
　　case 'MyAlbum':B=new FCKMyAlbumCommand();break;

C、按钮的显示
　　case 'NewPage':B=new FCKToolbarButton('NewPage',FCKLang.NewPage,null,null,true,null,4);break;
　　case 'MyAlbum':B=new FCKToolbarButton('MyAlbum',FCKLang.MyAlbum,null,null,true,null,67);break;

　　上面代码中第一部分是Newpage的原代码，后一部分是我们自定义的代码，您一看应该明白怎么回事了吧？仅红色部分和名称不同而已！而红色部分就是我们的自定义功能。
　　FCKLang是语言包对象，您只要打开FCK/editor/lang/下面的相应语言包添加相应的名称属性就可以了，比如：MyAlbum打开我的像册。注意大小写！至此我们的添加工作已完成。