7月11日，记者从上海市市场监管局获悉，为加强与海关的沟通协调，上海市市场监管局第一时间制定下发《关于立即开展厄瓜多尔问题冻虾检查的紧急通知》，要求各区市场监管局加强对相关进口食品企业的核查，同时加强对上海市食品冷库、食品生产企业、食品批发市场、超市卖场、水产品销售商，以及中央厨房等餐饮单位的排查。要求上海市各级市场监管部门落实处置措施，督促经销商立即停售、封存涉事3家企业3月12日以后生产的冻虾，并配合做好抽样检验工作。
7月10日，在国务院联防联控机制举行发布会上，海关总署介绍，为防范新冠肺炎疫情通过进口冷链食品传入的风险，全国海关对进口冷链食品开展了新冠病毒监测。到7月9日24时，全国海关共抽样监测样本227934个，其中产品样本43964个、内外包装样本147568个、环境样本36402个。
在上述样本中，7月3日，大连海关从装载厄瓜多尔企业生产的冻南美白虾集装箱内壁一个样品样本中，从厄瓜多尔企业生产的冻南美白虾的三个外包装样本中，检出新冠病毒核酸阳性。同日，厦门海关从厄瓜多尔企业生产的冻南美白虾的两个外包装样本中检出新冠病毒核酸阳性。上述企业的冻南美白虾虾体和内包装样本，新冠病毒核酸检测均为阴性，其他227928个样本检测全部为阴性。对检出阳性的样本，经核酸序列分析并经专家研判，检测结果提示，厄瓜多尔三家企业产品的集装箱环境、货物外包装存在被新冠病毒污染风险。
专家研判认为，检出结果不代表具有传染性，但反映出相关企业食品安全管理制度落实不到位。为保护消费者健康，海关总署决定，自今日起暂停上述三家企业在华注册资格，暂停上述三家企业产品出进口，对暂扣的货物采取退货、销毁等处理措施。