回溯百年中国近代历史，既是政治、经济、社会、文化、制度沧桑巨变的百年，也是深受肺结核、天花、鼠疫、霍乱、斑疹伤寒等重大流行疾疫侵扰并与之不懈斗争的百年。这段历史对应的19世纪中叶到20世纪中叶，是全球科学技术突飞猛进的时期。现代医学在这百年间，向着微观和宏观两个方向发展：以细菌、病毒等微生物为研究对象的分子生物学的发展；以人与环境为研究对象的公共卫生学的发展。而现代医学在传统医学中汲取实践经验的养料，同时以客观证据为基础，塑造了循证医学的雏形。
中国传统医学与西方医学在19世纪相遇，一代代改革者的主要矛盾在于既要保存传统医学的精髓又要符合现代科学的客观规律，然而这种结合仅停留在实践层面，造成现代中医理论和实践的脱节，并没有真正实现现代化。当时，以中医为代表的传统医学，聚焦个性化治疗；而疾疫是以群体流行病学为研究对象，传统医学的思维方式遇到瓶颈。
两种不同的医学理念与实践开始碰撞而逐步融合。以霍乱为例，百年前的传统中医一直认为导致其传染的原因在“气”。19世纪伦敦发生霍乱时，一位叫约翰·斯诺的医生在调查后提出，霍乱是通过被感染者排泄物所污染的饮用水而大范围流行的。这个主张推动了伦敦乃至整个欧洲地下供水系统的现代化改造，现代公共卫生学由此发端。之后，德国细菌学家罗伯特·科赫从粪便中发现了霍乱弧菌。自此，现代医学开始走上与传统医学截然不同的循证医学的道路。这也构成了1902年中国霍乱救治的医学底色，受现代医学影响较大的口岸城市，取得了更好的防疫效果。
1910年秋冬，东北暴发一场大鼠疫，祸及关内数省。鼠疫为烈性传染病，短时间内导致数万人丧生。伍连德临危受命，肩负起防疫工作的重担。他发现鼠疫由鼠疫杆菌引发，通过飞沫传染，为此发明了外科纱布制成的“伍氏口罩”，阻止飞沫传播；并设立隔离医院和检疫队，对患者进行隔离治疗。此外，伍连德上奏清廷，严格管制铁路交通，对东北实行封城，严禁人员流动。由于大量患者尸体无法及时掩埋，很容易导致疫情扩散，伍连德还打破传统伦理观念，对尸体进行集中火化。种种措施多管齐下，短短数月，中国依靠自身力量控制住了鼠疫，伍连德由此成为我国防疫先驱而名扬四海。1919年3月，北洋政府成立中央防疫处，这是我国历史上第一个国家卫生防疫研究专门机构。1925，兰安生在北京成立了我国第一个公共卫生事务所——北京第一卫生事务所。该卫生事务所承担的主要工作包括：环境卫生，即扫除垃圾、卫生稽查、检验牲畜；预防接种，即布种牛痘、霍乱预防注射；诊疗疾病，即诊疗新病、病人临诊；学校卫生，即检查学生体格、发现缺点、矫正缺点；妇婴卫生，即产妇检查、接生、婴儿诊疗；卫生教育，即卫生展览会、分发宣传品、卫生演讲。1933年，肺结核肆虐华夏，王良从法国引入卡介苗，他在重庆建立起中国第一个卡介苗实验室，开启了中国研究培育疫苗的先河。
伍连德以研究东三省鼠疫为契机，亲手实施了中国医学史上第一例病理解剖，并在世界上第一个提出“肺鼠疫”的概念。其实验的过程、统计学的方法、流行病学的群体概念、诊疗的对照分析，无一不体现循证医学的实际应用。之后，伍连德、王吉民、陈邦贤、范行准、李涛、余云岫、陈方之、李庆坪等人陆续对中国传染病史做了大量研究。几乎每一种传染病专病史，都有专门的论著，为后来的研究奠定了扎实的基础。他们的专病史研究论述体现了循证医学的演进过程。